非税收入收缴管理改革已经推进十年，各级财政部门逐步加强非税收入的预算管理，规范非税收入收缴方式，完善非税收入收缴管理体系，取得了重大进展。但还存在越权审批非税收入项目，自定项目违规收取非税收入，非税收入收缴账户管理不规范，非税收入资金被滞留、截留、挪用、坐支等问题。针对以上问题，非税收入的审计应该从以下几个方面入手。
　　（一）征收的合法性。非税收入项目的设立是否经过相关部门的审查和批准，罚没是否具有明确的法律依据，是否办理了《收费许可证》和《罚没许可证》;有无乱收费、乱罚款的情况；征收范围和标准是否符合法律法规的规定；有无超范围、超标准征收的问题。
　　（二）管理的严谨性。征收管理情况，包括收费许可证、专用票据的管理等。执行收缴分离制度的情况，有无自行开设过渡账户，而未将非税收入直接缴入财政部门指定的账户等问题。
　　（三）制度的重要性。执行“收支两条线”制度执行情况，即部门征收非税收入与部门支出脱钩的情况，对纳入预算管理的非税收入是否及时足额上缴国库，对尚未纳入预算管理的非税收入是否及时足额缴入财政专户，部门支出是否通过部门预算进行核定，有无使用收取的非税收入安排相关支出，截留、转移、坐支、挪用、私分国家非税收入等问题。
　　（四）会计记录的及时性、完整性、准确性。加强非税收入管理，确保会计记录资料的及时性、完整性、准确性，这也是会计资料最基本的质量要求。